Berdasarkan Surat Keputusan Komandan Korps Komando Angkatan Laut Nomor : 5401.12.6 tanggal 14 Juli 1962 tentang penetapan terbentuknya Batalyon VI Komando Korps Komando Angkatan Laut disingkat BAT. VI. KO dengan kekuatan personel beberapa PERWIRA, siswa keluaran SEDASPAKO, Pelajar keluaran SECABA, pelajar keluaran SETAKOP dan pelajar keluaran WAMILTA, taraf-taraf pembentukan BAT.VI.KO dilanjutkan kemudian hingga sesuai dengan TOP Batalyon Infanteri Korps Komando Angkatan Laut yang baru disamping mendidik WAMILTA berlokasi di Kesatrian Korps Komando Angkatan Laut Cilandak.

Berdasarkan Surat Keputusan Panglima Korps Komando Angkatan Laut Nomor : 5401.9 Tahun 1966 tanggal 05 Mei 1966 Panglima Korps Komando Angkatan Laut (Mayjen KKO Hartono) meresmikan terbentuknya Batalyon Infanteri-6 Korps Komando Angkatan Laut. 

Pada Tahun 1970 Batalyon Infanteri-6 Korps Komando Angkatan Laut masih berada dalam organik Paskoarma meskipun kemudian termasuk unsur yang dinonaktifkan dari organik Paskoarma. Sejarah berjalan terus penyempurnaan Korps Komando AL semakin maju disesuaikan dengan derap majunya pembangunan, maka sesuai Surat Keputusan Dan Kormar Nomor : Skep / 19 / IV / 1979 pada tanggal 7 April 1979 Batalyon Infanteri 6 Korps Marinir (Yonif-6 Mar) kembali diaktifkan sebagai Satuan pelaksana Resimen Infanteri-2 Marinir yang berkedudukan langsung di bawah Danmenif-2 Mar. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Dan Kormar Nomor : Skep / 121 / IX / 1993 tanggal 10 September 1993 menetapkan HARI JADI YONIF-6 MAR PADA TANGGAL 14 JULI 1962 dengan demikian semua ketentuan yang bertentangan dengan Surat Keputusan ini tidak berlaku lagi. 

Batalyon Infanteri-6 Korps Marinir yang relatif masih muda usia ikut aktif mempertahankan Negara Kesatuan Republik Indonesia, setia kepada Pancasila, UUD 1945 serta berpegang teguh kepada Sapta Marga dan Sumpah Prajurit.

Dalam kurun waktu yang relatif masih muda usia Batalyon Infanteri 6 Korps Marinir telah melaksanakan tugas-tugas Operasi Militer, Teritorial dan Bhakti TNI :

A. Satgas Timor-Timor

1. Satgas Rajawali I tahun 1995

2. Satgas Rajawali II tahun 1996

B. Satgas Aceh

1. Rencong Sakti IV tahun 1994-1995

2. Rencong Sakti V tahun 1995

3. Rencong Sakti VI tahun 1995

4. Rencong Sakti VII tahun 1996

5. Rencong Sakti VIII tahun 1996

6. Rencong Sakti XVI tahun 2001

7. Satgas Rajawali III tahun 2002

8. Rencong Sakti XXI / Satgas Pemukul tahun 2003

9. Rencong Sakti XXX tahun 2005

10.Dalsakrah / Bhakti Sosial tahun 2005

11.Pamwil Obvit TNI AL tahun 2007

12.Satgas Gobang 1 tahun 2023-2024

13.Satgas Gobang 2 tahun 2024-sekarang

C. Satgas Natuna

1. Natuna VIII tahun 1988

2. Natuna IX tahun 1989

3. Natuna X tahun 1989

4. Natuna XV tahun 1992

5. Natuna XVI tahun 1992

6. Natuna XXV tahun 1997

7. Natuna XXVI tahun 1998

8. Natuna XXVII tahun 1998

9. Natuna XXXVIII tahun 2004

10.Natuna XLI tahun 2005

D. Satgas Ambon

1. PPRM Ambon tahun 1999

2. PPRM Ambon tahun 2000

3. PPRM Ambon tahun 2000

4. Kosektor Maluku Utara tahun 2000

E. PAM Ibu Kota

1. PAM Pemilu tahun 1992

2. PAM KTT GNB ke X tahun 1992

3. PAM SU MPR tahun 1992

4. PAM Sidang APEC tahun 1993

5. PAM Ibu Kota (PON XIV) tahun 1996

6. PAM Antisipasi RUU AAP tahun 1996

7. PAM Pemilu tahun 1997

8. PAM PHH BKO Kodam Jaya tahun 1998

9. PAM Reformasi (Ibu Kota) tahun 1998

10.PAM Sidang Istimewa tahun 1998

11.PAM Semanggi tahun 1998

12.PAM Sidang Istimewa tahun 1999

13.PAM Pemilu tahun 1999

14.PAM SU MPR BKO Polda tahun 1999

15.PAM VIP RI 1 / RI 2 tahun 2000

16.PAM Pulau Seribu tahun 2002

17.PAM Antisipasi Kenaikan BBM tahun 2005

18.PAM Bangsit Natal dan Tahun Baru tahun 2006

19.PAM Antisipasi Demo Buruh tahun 2010

20.PAM Antisipasi Demo Buruh tahun 2013

21.PAM KAI 2013

22.PAM Antisipasi Demo kenaikan BBM tahun 2014

23.PAM KAI tahun 2014

24.PAM KBN tahun 2014

25.PAM KBN tahun 2014

26.PAM Pelantikan Presiden tahun 2014

27.PAM Antisipasi Demo Buruh tahun 2014

28.PAM KAI tahun 2015

29.PAM KAA tahun 2015

30.PAM Angkasa Pura tahun 2015

F. Satgas Luar Negeri

1. PAM TKI Malaysia tahun 1998

2. Konga XXIII A Libanon tahun 2006

3. Konga XXIII B Libanon tahun 2007

4. Konga XXIII C Libanon tahun 2008

5. Konga XXIII D Libanon tahun 2009

6. Konga XXIII E Libanon tahun 2010

7. Pembebasan Sandera Somalia tahun 2011

8. Konga XXIII F Libanon tahun 2011

9. Konga FPC XXVI-D2 tahun 2011

10.Konga XXIII H Libanon tahun 2013

11.Konga XXIII I Libanon tahun 2013

12.Konga XXXVA Sudan tahun 2015

G. Satgas PAM Dalam Negeri

1. AMD Ciamis tahun 1994

2. Satgas Pulau Galang tahun 1994

3. Karya Bhakti TNI tahun 1996

4. Satgas Trisila tahun 1997

5. Karya Bhakti Cengkareng tahun 1998

6. PAM Selat Malaka tahun 2005

7. PAM Pulau Terluar tahun 2006

8. Satgas Banjir Langkat tahun 2006 

9. PAM Pulau Terluar tahun 2007

10.Satgas Banjir Padang tahun 2007

11.Satgas Malsindo III tahun 2007

12.PAM Pulau Terluar VIII tahun 2009

13.PAM Pulau Terluar XI tahun 2011

14.Ekspedisi Khatulistiwa tahun 2012

15.Ekspedisi NKRI tahun 2013

17.PAM Pulau Terluar XIV tahun 2013

18.Satgas Banjir Ibukota tahun 2014

19.Ekspedisi Khatulistiwa tahun 2014

20.Satgas Damkar tahun 2014

21.Satgas Mentawai tahun 2014

22.Satgas Banjir Ibukota tahun 2015

23.Ekspedisi NKRI tahun 2015

24.Baruna Jaya XV tahun 2015

25.Satgas Damkar tahun 2015

H. Satgas Palembang

1.Satgas Ops dan PAM BKO Lanal Palembang tahun 1996

2.Satgas Palembang tahun 1997

3.Satgas Palembang tahun 1998

4.Satgas Lampung tahun 1998

5.Satgas Bengkulu tahun 1998

6.Satgas Gempa Bengkulu tahun 2000

7.Satgas Piabung tahun 2000

8.Satgas Piabung tahun 2004

J. Mabes TNI / Satpamwal

1. Tahun 1990

2. Tahun 1992

3. Tahun 1993

4. Tahun 1994

5. Tahun 1997

6. Tahun 1998

7. Tahun 2001

8. Tahun 2004

9. Tahun 2009

10. Tahun 2010

11. Tahun 2011

12. Tahun 2012

13. Tahun 2014

14. Tahun 2015

Dalam melaksanakan tugas-tugas operasi dan satgas Yonif-6 Mar telah kehilangan anggota-anggotanya:

Gugur : 10 (sepuluh) anggota. 

Tewas : 2 (dua) anggota. 

Meninggal : 8 (delapan) anggota.

KOMANDAN BATALYON

Sebelum Likuidasi

Komandan Batalyon  ke-1 : Mayor KKO Pirngadi NRP. 1052/P

Komandan Batalyon  ke-2 : Kapten KKO Ari L Kaligis NRP. 1947/P

Komandan Batalyon  ke-3 : Mayor KKO Sukarno NRP. 1621/P

Sesudah Likuidasi

Komandan Batalyon ke-1 : Letkol Mar Rm Djamaludin NRP. 2788/P

Komandan Batalyon ke-2 : Mayor Mar Bonard Maruhum NRP. 3141/P

Komandan Batalyon ke-3 : Mayor Mar T. Sastrawirya NRP. 5152/P

Komandan Batalyon ke-4 : Mayor Mar Darius Apan NRP. 5231/P

Komandan Batalyon ke-5 : Mayor Mar Saldin Norman NRP. 6402/P

Komandan Batalyon ke-6 : Letkol Mar Frans L Kansil NRP. 6727/P

Komandan Batalyon ke-7 : Letkol Mar Herman Rastam NRP. 7138/P

Komandan Batalyon ke-8 : Letkol Mar Agung Widjayadi S NRP. 7250/P

Komandan Batalyon ke-9 : Letkol Mar Safzen Noerdin NRP. 7425/P

Komandan Batalyon ke-10 : Letkol Mar Arief Suherman NRP. 7769/P

Komandan Batalyon ke-11: Letkol Mar Erwin AB Kawengian NRP. 8023/P 

Komandan Batalyon ke-12: Letkol Mar M. Suwandi Thahir NRP. 7875/P

Komandan Batalyon ke-13: Letkol Mar Tory Subiyantoro NRP. 8354/P

Komandan Batalyon ke-14: Letkol Mar Harhar Sucharyana NRP. 8554/P

Komandan Batalyon ke-15: Letkol Mar Purwadi NRP. 8973/P

Komandan Batalyon ke-16: Letkol Mar Edi Juardi NRP.9646/P

Komandan Batalyon ke-17: Letkol Mar Suherlan NRP.9880/P

Komandan Batalyon ke-18: Letkol Mar Hermanto, SE NRP.10144/P

Komandan Batalyon ke-19: Letkol Mar I Made Sukada NRP.10788/P

Komandan Batalyon ke-20: Letkol Mar Teguh Widodo NRP.10801/P

Komandan Batalyon ke-21: Letkol Mar Qomarudin NRP.11998/P

Komandan Batalyon ke-22: Letkol Mar Nawawi NRP.12708/P

Komandan Batalyon ke-23: Letkol Mar Etwin Ramadhan NRP.13415/P

Komandan Batalyon ke-24: Letkol Mar Kristiyono NRP.13406/P

Komandan Batalyon ke-25: Letkol Mar Isna Muhsin NRP.14446/P

Komandan Batalyon ke-26: Letkol Mar Irwanto NRP.14481/P

Komandan Batalyon ke-27: Letkol Mar Dwi Ariyanto NRP.14475/P

Komandan Batalyon ke-28: Letkol Mar R Butar-Butar NRP.16130/P

Komandan Batalyon ke-29: Letkol Mar Dwi Hartono NRP.15542/P

Komandan Batalyon ke-30: Letkol Mar Daniel Tarigan NRP.15547/P

Komandan Batalyon ke-31: Letkol Mar Muhsin NRP.16653/P

Komandan Batalyon ke-32: Letkol Mar R Manurung NRP.17231/P

Komandan Batalyon ke-33: Letkol Mar Nur Qodli Arbain 

Komandan Batalyon ke- 34: Letkol Mar Ringga Widyatama